新疆农业科学院是新疆维吾尔自治区人民政府直属的事业单位。目前有19个科研机构，包括粮食作物研究所、经济作物研究所和园艺作物研究所，有10个实验站。医院拥有国家、部委、自治区各类科技平台55个。其中，有国家现代农业科技示范区、国家棉花工程技术研究中心、科技部国际科技合作基地、农业部棉花、甜菜和大麦改良分中心、农业部4个部级检验检测监测中心、2个国家野外观测站、农业部16个工业技术体系测试站，农业部5个原种基地、国家作物品种资源中期维护银行、国家灰漠土肥力和肥效重点田间监测站、国家微生物物种保护分中心、国家果树种质资源苗圃、国际玉米小麦改良中心(CIMMYT)新疆小麦试验站。自治区有2个重点实验室、6个育种基地、2个甜瓜育种研究开发基地、4个科技成果转化中心和4个智力引进示范基地。海南三亚农业科技示范园区和中试发酵车间已经建成新疆农业科学院作为自治区农业科技的主力军，坚持创新建院、人才强校、开放办学的工作方针。它着眼于自治区农业发展不同阶段的科技需求，特别是自治区四大基地和八大产业的发展目标，以加强农业科技创新和学科建设为主线。提出并优先考虑种质资源利用和作物新品种培育、作物栽培技术研究、农林重大病虫害防治、农业资源高效利用、设施农业、农业工程技术与设备、微生物应用与工程、农产品深加工与现代储运、生物质能源、农业经济和科技信息等十个重点领域。特别培育和建设了14个具有鲜明区域特色的重点学科，包括作物遗传育种、作物栽培、园艺作物、农业生物技术、植物保护、农业微生物应用、农业资源和生态环境、农业工程和机械设备、设施农业、农业经济和农业系统工程、农业信息技术和应用、农产品质量安全和标准、农产品加工和储存以及生物质能。
新疆农科院